La SECH está regida y gobernada por la Asamblea General de Socios, que se reúne coincidiendo con la celebración del Congreso Nacional de la Sociedad, el cual se celebra cada 2 años.

Una Junta Directiva, elegida por la Asamblea General, se reúne periódicamente para tomar las decisiones que le competen a fin de alcanzar los objetivos de la Sociedad.

Asimismo, la sociedad está dividida temáticamente en diferentes Grupos de Trabajo, que abarcan todas las especialidades de las Ciencias Hortícolas. Cada socio puede adscribirse a todos los grupos de trabajo que sean de su interés.